Im Jahre 1874 wurde der "Dresdner Stadtverein für Innere Mission" mit dem Zweck gegründet, innerhalb Dresdens der Entfremdung der Menschen vom christlichen Glauben und der Kirche zu begegnen. Den vielen Menschen in der schnell wachsenden Großstadt, die an Leib und Seele Not litten, sollte sowohl tatkräftig geholfen als auch die Botschaft des Evangeliums von Jesus Christus weiter gegeben werden.

Schnell entwickelten sich unter anderem die Arbeitsbereiche Armenpflege, Fürsorge für Strafentlassene, Kinder- und Jugendpflege (Knabenbeschäftigungsanstalt, Kindergarten und -hort, Jugendasyl, Nähstuben und Handfertigkeitsunterricht für Mädchen u.a.), Wohnungen für insbesondere kinderreiche Arbeiterfamilien, Hilfe für suchtabhängige Menschen u.a. Dazu kamen Gottesdienste, Kindergottesdienste, Bibelstunden und die Verbreitung christlicher Schriften.

1892 wurde ein großes Vereinshaus in der Zinzendorfstraße mit Geschäftsräumen, Vereinszimmern, einem der größten Säle in Dresden und einem Hospiz gebaut. Dieses Haus fiel 1945, wie viele andere Einrichtungen des Vereins, dem Bombenangriff zum Opfer.

Infolge der Nachkriegszeit und Inflation nach dem ersten Weltkrieg kam es zur Übernahme der gesamten Einrichtungen des Magdalenenhilfsvereins, z.B. "Friedenshöhe" Radeburg, "Gustav-Dittrich-Heim" Dresden-Rochwitz, "Mätzoldheim" Dresden-Blasewitz, Altersheim Dresden-Plauen. Zudem wurde die stadtmissionarische Arbeit mit den Aufgabenbereichen der Volksmission in der Frühstückskirche, Hof- und Nachtmission, Schulungslehrgänge für Erwerbslose grundlegend ausgebaut. Weiterhin geschah der diakonische Dienst durch Unterstützung der Armen mit Lebensmitteln und Kleidung, Verteilung von Bettlergutscheinen, Einrichtung von Volksküchen, Vormundtschaften, Strafentlassenen- und Trinkerfürsorge.

Mit dem Ende des 2. Weltkrieges im Jahre 1945 musste die Arbeit der Stadtmission Dresden völlig neu aufgebaut werden , da fast alle innerstädtischen Häuser und Einrichtungen beim Bombenangriff zerstört worden waren. Nach Zwangsauflösung des Vereins 1946 wurde dieser durch den "Ephoralausschuss für Innere Mission und Hilfswerk" ersetzt.

1950 konnte die "Gotteshütte" auf dem Oberen Kreuzweg eingeweiht werden. Sie wurde für ungezählte Menschen der Ort, an dem sie christliche Nächstenliebe und Segen erfahren konnten: Gottesdienste für Umsiedler und Schwerhörige, jeden Sonntagnachmittag die Sonntagsstube für Einsame; die Mitarbeiter der Bahnhofsmission boten hilfsbedürftigen Durchreisenden dort Übernachtungsmöglichkeit und Verpflegung; lange Zeit befand sich hier die Nähstube der Stadtmission; Alkoholgefährdete, Kinder- und Jugendgruppen, Gruppen von Körperbehinderten und der Familienkreis versammelten sich hier. Für viele Menschen war die "Gotteshütte" Tauf- und Traukirche, also geistliche Heimat. Nachdem die "Gotteshütte" 1987 wegen städtischer Baupläne abgerissen werden musste, wurde das Haus Glacisstr. 44 als Hauptgeschäftsstelle ausgebaut.

Nach der politischen Wende wurde 1991 das Diakonische Werk – Stadtmission Dresden e. V. wieder gegründet. Viele Arbeitsbereiche konnten ausgebaut werden. Zudem wurden aus öffentlicher Trägerschaft viele Einrichtungen übernommen. Ab 1994 wurde die Kinder- und Jugendhilfe neu aufgebaut und ist ständig gewachsen.